Musa Al-Hadi bin Muhammad Al-Mahdi bin Ja’far Al-Manshur lahir tahun 144 H (761 M). Ibunya adalah seorang Ummu Walad bernama Khaizuran yang dimerdekakan dan dinikahi oleh Al-Mahdi pada tahun 159 H (776 M)
Al-Hadi diangkat menjadi putra mahkota dalam usia 16 tahun, dan dibaiat menjadi khalifah dalam usia 25 tahun pada 22 Muharram tahun 169 H / 9 Agustus 785 M, lalu memerintah sampai wafatnya pada 13 Rabi’ul Awwal 170 H / 15 September 786 M. Masa pemerintahannya 1 tahun, 3 bulan, 22 hari.
Pemberantas Kaum Zindiq
Pusat perhatian Khalifah Musa Al-Hadi ketika menjabat khalifah adalah membasmi kaum Zindiq. Kelompok ini berkembang sejak pemerintahan ayahnya, Khalifah Al-Mahdi. Secara umum kelompok ini lebih mirip ajaran komunis yang ingin menyamakan kepemilikan.
Pemberontakan Husain bin Ali bin Hasan bin Ali bin Abi Thalib
Di daerah Hijaz muncul sosok Husain bin Ali bin Hasan bin Ali bin Abi Thalib. Ia mendapatkan sambutan dari masyarakat karena masih keturunan Ali bin Abi Thalib. Bahkan kelompok ini sempat memaklumatkan berdirinya Daulah Alawi di Tanah Hijaz.
Karena gubernur setempat tak mampu mengatasinya, Khalifah Musa Al-Hadi segera mengirimkan pasukan cukup besar dari Baghdad yang dipimpin oleh Muhammad bin Sulaiman. Mulanya pihak Sulaiman menawarkan perdamaian. Namun karena tak mencapai kata mufakat, akhirnya terjadilah pertempuran di suatu tempat antara Madinah dan Makkah yang dikenal dengan nama Fakh. Dalam peristiwa ini hanya selamat dua orang Alawi yaitu: Idris bin Abdullah dan Yahya bin Abdullah. Idris bin Abdullah melarikan diri ke wilayah Afrika dan mendirikan negara yang dikenal sebagai Daulah Idrisiyyah.
Wafatnya Khalifah Al-Hadi
Al-Hadi wafat pada 13 Rabi’ul Awwal 170 H / 15 September 786 M. Konon kemangkatannya itu tidak wajar. Ibunya, Khaizuran yang masih keturunan Iran, dianggap terlalu sering mencampuri urusan pemerintahan. Hal itu tidak disenangi oleh sang khalifah. Lalu sering terjadi pertentangan antara keduanya, maka ia pun dibunuh dengan cara diracun.